NEBNext Enzymatic Methyl-seq v2 Kit 24 réactions

NEBNext Enzymatic Methyl-seq est une alternative enzymatique haute performance à la conversion au bisulfite pour l'analyse du méthylome à l'aide du séquençage Illumina ® . Grâce à la gamme d'entrées étendue du dernier kit NEBNext Enzymatic Methyl-seq v2, il est possible d'utiliser seulement 100 pg d'ADN d'entrée. Le protocole a également été simplifié pour minimiser les étapes de nettoyage et réduire le temps de travail.
Les bibliothèques sont préparées à l'aide des réactifs NEBNext Ultra II fournis et de l'adaptateur EM-seq optimisé. Les amorces d'index sont disponibles séparément, sous forme d'amorces d'index doubles uniques NEBNext LV (NEB # E3390 , E3392 , E3400 , E3402 , E3404 , E3406 , E3408 ).
L'EM-seq est un procédé de conversion enzymatique en deux étapes permettant de détecter les cytosines modifiées. Dans la première étape, TET2 et T4-BGT protègent les cytosines modifiées de la désamination en aval. TET2 oxyde enzymatiquement la 5mC et la 5hmC, et T4-BGT glucosyle la 5hmC.
La deuxième étape enzymatique utilise APOBEC pour désaminer les cytosines non modifiées en uraciles, mais 5mC et 5hmC protégés dans la première étape ne sont pas désaminés.
Cette étape est suivie d'une amplification à l'aide d'une formulation NEBNext master mix de Q5U ® (une version modifiée de l'ADN polymérase haute fidélité Q5 ® ) et d'un séquençage sur la plateforme Illumina. Les performances de conversion constamment élevées et les dommages minimisés à l'ADN avec le protocole EM-seq, en combinaison avec la préparation de bibliothèque Ultra II hautement efficace, permettent une détection supérieure des CpG avec moins de lectures de séquençage.
Les outils d'analyse bioinformatique utilisés pour le séquençage du bisulfite peuvent également être utilisés pour l'EM-seq.
NEBNext UltraShear ( NEB #M7634 ) a été optimisé pour la fragmentation enzymatique de l'ADN compatible avec les flux de travail EM-seq.
Pour la détection spécifique de 5hmC, le kit enzymatique NEBNext E5hmC-seq ( NEB #E3350 ) est désormais également disponible.